疑问一：高铁在恶劣天气面前为何如此脆弱?
高铁在面对这种恶劣天气的时候会如此的脆弱，因为雷击造成高铁停驶或者是慢驶的情况，在之前已经发生了两次，而雷击并不是什么100年一遇的这种恶劣天气。
疑问二：雷击到底破坏了什么设备?
铁路专家孙章表示，这表明动车组信号系统的技术和管理有漏洞，还比较脆弱。按照正常设计标准，动车组的信号系统即使被雷击坏，也应该还有“备份系统”，如无线信号系统作为应急。
疑问三：遭雷击后警报系统为何失灵?
根据铁道部的资料，在2007年的时候就已经表示说，中国自主研发的自动避灾系统，如果是信号出现了失灵或者是异常状况的时候，后车是绝对不会向前强制行驶。但是这一次发生了事故的后车D310，它当时的时速是180公里，说明它当时收到的信号是一切正常。为什么会出现这样的情况。

疑问四：本应该跑在D3115前面的D301为何跑到后面去了?
有媒体指出，根据时刻表，D3115应该是在D310的后面，但是为什么这一次是跑在了D310的前面，是不是调度出现了什么问题。
疑问五：为何事故未处理完就赶通车?
事故发生后，铁路部门接连发布消息，将尽快完成救援，恢复铁路通行。先是称24日下午3时将通车，后来又称预计下午6时可通车。在24日晚深夜召开的新闻发布会上，铁道部新闻发言人王勇平也表示，到24日晚7时，甬台温铁路已具备通车条件。
疑问六：为何对事故车厢“挖坑填埋”?
网友“叶克飞”说：“你们可以把遇难者的遗物都妥善清理，等待他们的亲人们辨认，而不是随意掩埋吗?那里面可能有他们一起逛街时买的衣服，一起出游时拍的照片，手机里可能有不舍得删除的短信和曾记录光阴的视频……甚至，他们中的某些人或曾在弥留之际用数码设备录制了遗言。你们无法保障我们的安全，但能否给逝者一点尊严? ”