行施工、监理，存在重大安全隐患，是本次事故的主要原因。
董家山隧道“12·22”爆炸事故发生后当晚10时30分，救护队探险侦查到达右洞掌子面，检测此处CO浓度为3 000PPm，顶部瓦斯浓度为97%，一个火星儿就能点燃。事故救援结束后，救护队27日在掌子面顶部及模板台车二平台检测瓦斯浓度为9%，说明该地段的瓦斯仍在持续涌出，这一浓度仍处于爆炸界限。
调查组有关专家指出，董家山隧道发生瓦斯爆炸的地段，位于龚家向斜和龚家背斜组成的复式褶皱中，为挤压强烈、地应力相对集中的地段。该地带节理裂隙发育、岩层十分破碎，构成瓦斯赋存空间。在此地带前后分别发育有F11和F11-1两条逆冲断层，阻隔了其间瓦斯沿隧道纵向前后运移的通道。此段隧道洞顶地表正处于自然沟谷低洼之处，覆盖有较厚的堆积层，形成了天然的封闭盖层，又阻隔了向斜部位瓦斯沿其一翼向地表排放的通道。故上述2逆冲断层所夹持的地段属于具有良好封闭条件的瓦斯赋存地段。但因岩性差异，此地段中节理裂隙发育程度和岩层破碎程度各有不同，岩体中瓦斯赋存、富集程度也会大有不同。另据施工地质描述，在F11和F11-1两条逆冲断层间尚发育有多条一级小断层，这些小断层又将此地段地层切割为互不连通的小段岩体，各小段岩体中瓦斯赋存、富集程度也各有不同。因此，在此遭断层分割的复式褶曲地段，瓦斯的分布既具不均衡性特点，又具有相对富集的特点，在瓦斯相对富集的部位，一经揭露就有异常涌出的可能。
实际上，早在1957年7月13日，与本次事故处于同一断层带上(董家山隧道F11-2延伸约3km)的老都江堰紫坪铺电站就曾发生过一起特大瓦斯爆炸事故。老都江堰紫坪铺电站是新中国水电建设的开端，定位于都江堰上游2km的一个拐弯处，与丹江口、刘家峡、新安江、三门峡同被列入当时全国的5大电站。7月13日，阳光灿烂，工人们一大早就开始了引水导流洞的开挖施工，突然一声巨响，一道白光从洞口冲天而出，将装载石渣的斗车掀飞到了200m开外的河对岸，紫坪铺工程局(即现在的水电十局)7名工人葬身山腹。事后查明，该地段为高瓦斯区域，当时由于勘探技术有限，该地段的一些煤层未被发现，在导流洞爆破时导致瓦斯爆炸。
如果说紫坪铺事故因为时光的流逝而打上了岁月的尘封，那么龙眼睛隧道事故则仍历历在目。2004年5月25日凌晨3时，位于新213国道都江堰至汶川段的龙眼睛隧道也曾发生过瓦斯爆炸事故，造成5人烧伤。事故后不久的2004年12月7日16时10分，龙眼睛隧道再次发生瓦斯爆炸事故，造成4人死亡，61人受伤。调查后发现，引发事故的原因是施工过程中突遇隧道塌方，土石方在500～600m处将隧道堵住，造成气流不通，原本蕴含在岩层中的瓦斯因塌方而涌出并达到爆炸界限，遇火源发生爆炸。董家山隧道“12·22”事故，与它正好是“一脉相承”。
就是具体到董家山隧道，“12·22”事故前也有前车之鉴。2005年3月6日，董家山隧道左洞在开挖过程中也曾发生瓦斯爆燃，所幸火被及时扑灭，没有造成大的损失。左洞事故后，也有许多工人多次向上级报告了隧道中的事故征兆。不少民工反映，自己用铁锤敲打石头时，就曾引发洞内瓦斯爆燃，头发和胡子都曾被烧焦，向施工单位反映后，根本就没有引起有关负责人的足够重视。一些民工介绍，事故前隧道的瓦斯浓度太高，他们下去后经常会感觉到头痛、胸闷，给施工单位的领导反映后，却没有人来管，还是让他们照常施工。一位来自贵州遵义的民工反映说，22日凌晨5点左右，他就闻到了刺鼻的、有点像腐烂了的木材的气味，而且感觉头痛，随后他就向包工头报告说可能瓦斯浓度太高，要求停止施工，出隧道透气。包工头没有同意停工，但是准许他出去透透气。这些事实都表明了该地区高瓦斯的严重程度和本隧道附近的历史情况，但累累事故，却没有引起施工单位的警觉！
一位参与事故调查的知情人士向记者介绍，董家山隧道建设业主、设计、施工、监理四方都知道董家山隧道的地质、瓦斯、涌水等复杂情况，但都没有给予足够重视。勘探设计文件中确定的“低瓦斯隧道”这一定性，也成为后来业主招标、施工单位投标报价、施工组织设计、资源配置、监理单位现场管理的基本依据。也就是说，董家山隧道从勘探设计开始，就为肆虐的爆炸留下了可乘之机，瓦斯防治从一开始就处于一种低标准的认识，并由此环环相扣、一错再错，致使以后的相关措施不具备抵御瓦斯突然大量涌出的能力。
本次事故前发生坍塌处在F11-2与F11断层龚家向斜和龚家背斜之间，属地质异常复杂地区，但设计文件上并未要求采取“长管棚注浆、大小导管注浆、长管棚超前预注浆”等特殊设计措施来加固围岩和封闭瓦斯，这是造成隧道一再坍塌的原因。
这位知情人士指出，正常的隧道施工前，为减少不可预知的不良地质状况带来的危害
