在基本金属和钎料中，有时含有某些在加热时容易挥发的有毒物质，如Cd、Be、Zn、Pb等，钎剂中含有氟化物、氯化物和硼化物等。所以在钎焊操作过程中，必须采取妥善的防护措施，以免污染钎焊环境，损害操作者的健康。钎焊前清洗零件时，使用清洗剂如酸类、碱类、氯化烃等有机溶剂，也必须严格采取防护措施，保证环境不受有毒物的污染。
通常采用的有效防护措施是室内通风。它可将钎焊过程中所产生的有毒烟尘和毒性物质挥发气体排出室外，有效的保证操作者的健康和安全。
通常生产车间通风换气的方式有两种，自然通风和机械通风。在工业生产厂房中，要求采用机械通风排除有害物质。机械通风又可分为全面排风和局部排风两种。
当钎焊过程中产生大量有毒害物质，难于用局部排风排出室外时，可采用全面排风的办法加以补充排除，一般情况下，是在车间两侧安装较长的均匀排风管道，用风机作动力，全面排除室内的含有毒物的空气，或者在屋顶上分散安装带有风帽的轴流式风机进行全面排风。但是全面排风效率较低，不经济，实用中应尽量采用局部排风。局部排风是排风系统中经济有效的排风方法。通常在有害物的发生源处设置排风罩，将钎焊时产生的有害物加以控制和排除，不使其任意扩散，因而排风效率最高。因此，凡是在生产中产生有害物的设备或工艺过程均应尽量就地设计安装局部排风罩，并应连成系统加以排除。排风罩应根据工艺生产设备的具体情况、结构及其使用条件，并考虑所产生有害物的特性进行设计。几个相同类型的排风罩可连成一个系统，以通风机为动力进行排除。当遇到各种排风罩所排除的有害气体不同时，则要考虑各有害气体混合后不致发生爆炸或燃烧，或生成毒性更大的物质时方可合并排除，否则应分别设置排风系统。此外，对具有腐蚀性气体和剧毒气体的排除，应单独设置排风系统，排入大气之前要进行预处理，达到国家规定有害物排放标准后方可排放。
当钎焊金属和钎料中含有毒性金属成分时，要严格采取防护措施，以免操作者发生中毒，这些金属包括Be、Cd、Pd、Zn等。
Be在原子能、宇航和电子工业中应用价值很高，但它毒性大，钎焊时要特别重视安全防护措施。Be主要通过呼吸道和有损伤的皮肤吸入人体，从体内排出速度缓慢，短期大量吸入会引起急性中毒，吸入BeO等难溶性化合物可引起慢性中毒铍病，数年后发病，主要表现为呼吸道病变。铍和氧化铍钎焊时，最好在密闭通风设备中进行，并应有净化装置，达到规定标准才可排出室外。
Cd通常是为了改善钎焊工艺性在钎料中加入的元素，加热时易挥发，可从呼吸道和消化道吸入人体，积蓄在肾、肝内，多经胆汁随粪便排出，短期吸入大量Cd烟尘或蒸气会引起急性中毒，长期低浓度接触Cd烟尘蒸气，会引起肺气肿，肾损伤、嗅觉障碍症和骨质软化症等。
Pb是软钎料中的主要成分，加热至400～500℃时即可产生大量Pb蒸气，在空气中迅速生成氧化铅，Pb及其化合物有相似的毒性，钎焊时主要是以烟尘蒸气形式经呼吸道进入人体，也可通过皮肤伤口吸收。
Pb蒸气中毒通常为慢性中毒，主要表现为神经衰弱综合症，消化系统疾病、贫血、周围神经炎，肾肝等脏器损伤等。我国现行规定车间空气中最高容许浓度，铅烟为0．03mg／m3，铅尘为0．05mg／m3。
Zn及其化合物ZnCl2在钎焊时，Zn和ZnCl2会挥发生成锌烟，人体吸入可引起金属烟雾热(metal fume fever)，症状为战栗、发烧、全身出汗、恶心头痛、四肢虚弱等。接触ZnCl2烟雾会引起肺损伤，接触ZnCl2溶液会引起皮肤溃疡。因此，防止烟雾接触人体，必须应用个人防护设备和良好的通风环境，当皮肤触到ZnCl2溶液时要用大量清水冲洗接触部位。
在使用含有氟化物的钎剂时，必须在有通风的条件下进行钎焊，或者使用个人防护装备。当用含氟化物钎剂进行浸沾钎焊时，排风系统必须保证环境浓度在规定范围内，现行国家规定最大允许浓度为1mg／m3。
氟化物对人体的危害主要表现为骨骼疼痛、骨质疏松或变形，严重者会发生自发性骨折。对皮肤的损伤是发痒、疼痛和湿疹等。
在钎焊前清洗金属零件时，采用清洗剂，其中包括有机溶剂、酸类和碱类等化学物品，在清洗过程中会挥发出有毒的蒸气，要求通风良好，达到国家规定要求，保证操作者的安全。